Why percentage units doesn't work when setting flex-container height?

Hola Jaime. Tengo una idea del por qué no funcionará pero no creo poder explicarla en inglés, veo que en tu perfil tienes puesto que hablas español, así que escribiré mi respuesta en español :).

Cuando haces una página, el alto de ella irá creciendo conforme agregas elementos en el body, como solo hay un div con la clase container, éste hará que se expanda el body, por lo tanto, el container siempre ocupará el 100% del alto del body, es por eso que no importa que porcentaje le pongas al container como es una unidad relativa no le afecta al ser el único elemento.

Si quieres ver el alto del container reflejado debes agregar unos estilos como estos:

html, body {
    height: 100%;
}

.container {
    height: 100%;/*O cualquier otro porcentaje que quieras*/
}

Poniendo la propiedad height del html en 100% hacemos que agarre el tamaño del viewport del navegador, ahora el elemento que está dentro que es el body también queremos que ocupe el 100% de su contenedor que es el html. Por último queda el div container que ahora si podrá agarrar un porcentaje del alto de su elemento contenedor (body). Espero haberme explicado bien.

Saludos.